1. Văn phòng Công ty: Quản trị hành chính văn phòng; Chăm sóc y tế cho cán bộ công nhân viên; Thực hiện dịch vụ đời sống, vệ sinh công nghiệp; Thực hiện công tác Bảo vệ - Quân sự và PCCC; Thực hiện công tác truyền thông, thi đua khen thưởng, văn hóa doanh nghiệp.
2. Phòng Công nghệ Thông tin: Tham mưu xây dựng chiến lược CNTT của Công ty; Quản lý, triển khai ứng dụng công nghệ thông tin hoạt động trong Công ty.
3. Phòng Kế hoạch Chiến lược: Tham mưu xây dựng kế hoạch, chiến lược Công ty; lập kế hoạch sản xuất kinh doanh; Tổng hợp và triển khai kế hoạch bảo dưỡng, sửa chữa máy móc thiết bị; Lập kế hoạch sửa chữa và triển khai thực hiện sửa chữa các công trình kiên trúc; Quản lý đất đai, triển khai các hợp đồng dịch vụ.
4. Phòng Tài chính Kế toán: Quản lý tài chính và kế toán thống kê toàn bộ hệ thống, quản lý tài sản cố định.
5. Phòng Tổ chức: Quản trị nguồn nhân lực; thực hiện công tác pháp chế thẩm định; xây dựng, áp dụng, giải quyết chế độ chính sách cho người lao động (Tiền lương, chế độ, đào tạo); đánh giá hiệu quả công việc (KPI).
6. Phòng Vật tư: Mua sắm vật tư, phụ tùng hàng hóa; Quản lý kho, giao nhận, cấp phát hàng hóa.
7. Ban An toàn Môi trường: Giúp Tổng giám đốc Công ty quản lý chuyên sâu về công tác kỹ thuật an toàn lao động, vệ sinh lao động, vệ sinh môi trường, bảo hộ lao động đúng với quy định của Công ty; Duy trì quản lý môi trường theo tiêu chuẩn ISO 14001:2015; Quản lý an toàn sức khỏe nghề nghiệp theo OHSAS 18001:2007; Lập kế hoạch và kiểm tra đôn đốc hàng năm các đơn vị trong Công ty thực hiện việc huấn luyện ATLĐ-VSLĐ và BVMT nhằm đảm bảo an toàn tuyệt đối cho CBCNV trong Công ty.
8. Phòng Kỹ thuật: Tham mưu cho lãnh đạo Công ty về các lĩnh vực công nghệ, cơ điện, khai thác mỏ và quản lý kỹ thuật công nghệ sản xuất, cơ điện, khai thác mỏ; Điều hành sản xuất; Xây dựng và giám sát thực hiện các định mức kỹ thuật; Kiểm tra và giám sát thực hiện quy trình vận hành bảo dưỡng sửa chữa vật liệu công nghệ, cơ điện, khai thác mỏ; Kiểm soát chất lượng, nghiên cứu phát triển công tác khoa học kỹ thuật
9. Phòng Thí nghiệm: Kiểm tra, đo lường, thử nghiệm từ vật tư công nghệ đầu vào đến các sản phẩm của quá trình sản xuất và các sản phẩm xuất xưởng; Lưu trữ, phát hành các chứng chỉ, báo cáo chất lượng trong thử nghiệm; Thực hiện công tác nghiên cứu triển khai các phép thử nghiệm mới theo tiêu chuẩn Việt Nam và tiêu chuẩn quốc tế.
10. Xưởng Khai thác: Khai thác đá vôi, đá sét, đá phụ gia, đá phi nguyên liệu phục vụ sản xuất clinker, xi măng và sản xuất đá xây dựng; Bốc xúc vận chuyển đá vôi, đá sét, đá phi nguyên liệu, đá phụ gia đến trạm đập. Bốc xúc vận chuyển các công đoạn khác theo yêu cầu của Công ty; Sản xuất đá xây dựng; Quản lý, sử dụng bảo dưỡng, sửa chữa thiết bị xe máy - mỏ, dây chuyền sản xuất đá xây dựng.
11. Xưởng Nguyên liệu: Tổ chức sản xuất đá nguyên liệu thô; Nhập nguyên nhiên liệu, phụ gia cho sản xuất bột liệu, sản xuất clinker, sản xuất xi măng; Quản lý vận hành, bảo dưỡng, sửa chữa thiết bị.
12. Xưởng Bột liệu: Tổ chức sản xuất bột liệu; Quản lý vận hành, bảo dưỡng, sửa chữa thiết bị.
13. Xưởng Clinker: Tổ chức sản xuất Clinker; Quản lý vận hành, bảo dưỡng sửa chữa thiết bị
14. Xưởng Xi măng: Sản xuất xi măng bột; Đóng bao và xuất xi măng, clinker; Quản lý vận hành, bảo dưỡng, sửa chữa thiết bị.
15. Xưởng Sửa chữa: Quản lý thiết bị và vận hành hệ thống Điện, Nước, Khí nén; Sửa chữa, bảo dưỡng thiết bị Cơ, Điện, Nước, Khí nén, Thủy lực và công nghệ; Chế tạo, phục hồi thiết bị Cơ, Điện, Nước; Xây dựng sửa chữa các công trình kiến trúc.
16. Ban Quản lý Dự án: Lập kế hoạch và triển khai thực hiện các dự án đầu tư xây dựng các công trình theo quy định hiện hành.
17. Xí nghiệp tiêu thụ: Xây dựng thương hiệu, nghiên cứu thị trường, truyền thông; Phát triển kênh phân phối, tiêu thụ sản phẩm, chính sách bán hàng; Chăm sóc khách hàng, tư vấn, dịch vụ kỹ thuật.
18. Nhà máy vật liệu chịu lửa kiềm tính Việt Nam: Nhà máy vật liệu chịu lửa kiềm tính Việt Nam là đơn vị trực thuộc Công ty xi măng Vicem Hoàng Thạch hoạt động và sản xuất trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh, có chức năng sản xuất và kinh doanh sản phẩm vật liệu chịu lửa các loại, xây dựng và lắp đặt các loại lò nung công nghiệp, dân dụng. Nhà máy vật liệu chịu lửa kiềm tình tự quản lý, sử dụng người lao động cũng như về dây chuyền sản xuất của đơn vị mình.
19. Xí Nghiệp bao bì Vĩnh Tuy: Xí nghiệp bao bì Vĩnh Tuy là đơn vị trực thuộc Công ty xi măng Vicem Hoàng Thạch hoạt động sản xuất trên địa bàn Hà Nội, có chức năng sản xuất kinh doanh bao bì phục vụ sản xuất xi măng, công nghiệp và dân dụng. Xí nghiệp bao bì Vĩnh Tuy tự quản lý, sử dụng người lao động cũng như về dây chuyền sản xuất của đơn vị mình.